Toto územie bolo osídlené už v eneolite (mladšej dobe kamennej) a v staršej dobe bronzovej. Prvá písomná zmienka o obci sa nachádza v zoznamoch pápežských desiatkárov z roku 1294, v ktorých je uvedená pod menom Kelechen. Neskôr, v roku 1311 patrila medzi tie obce, ktoré boli zničené v bojoch Matúša Čáka Trenčianskeho s uhorským kráľom Karolom Robertom z rodu Anjou.

Spočiatku boli Hronské Kosihy zemianskym majetkom a od roku 1388 (Kezew) bola majetkom levického hradného panstva, a to až do roku 1848.

V roku 1618 museli poddaní obce, vtedy už s názvom Tót-Kesi, uznať zvrchovanosť Turkov a vykupovať si od nich mier vysokými poplatkami. Podľa tureckého daňového súpisu z roku 1664 domácnosti platili dane z obilia, medu, pasienkov, sena, dreva a oviec.

19. júla 1664 sa pri Leviciach odohrala veľká bitka s Turkami, v ktorej bol smrteľne zranený veliteľ cisárskej jazdy, podmaršal barón Štefan Koháry. Jeho telo sa našlo v kosižskom chotári (na poli). Na tomto mieste dal v roku 1714 jeho syn postaviť pamätnú barokovú  kaplnku.

Počas sčítania ľudu z roku 1720 mali Hronské Kosihy (Keszi, Koszihy) iba 15 obyvateľov, ale stála tu aj jedna krčma. V roku 1828 (Garam – Keszi, Kosyhy) mala obec už 499 obyvateľov, ktorí sa živili prevažne poľnohospodárstvom a doplnkovo tkaním plátna. Ešte začiatkom 20. storočia sa tu tkalo konopné plátno, keper, rips a preberané tkaniny vo farbe bielej s vínovočervenou, tmavomodrou a čiernou. Veľmi rozšírený bol chov husí.

V roku 1780 dal knieža Eszterházy postaviť Kostol sv. Jakuba v klasicistickom slohu. Pri požiari dňa 14. apríla 1857, kedy zhorela takmer celá obec okrem 5-tich domov, bol kostol poškodený. Až v roku 1901 bola k nemu pristavená veža a chórus. V roku 1931 pribudol do kostola nový organ.

Počas 1. sv. vojny narukovalo do armády 115 mužov, z ktorých 28 zahynulo, 85 sa vrátilo a 2 sa usadili v Rusku. O vojnových hrôzach sa Kosižania dozvedali len z rozprávania ranených navrátilcov. Najvýraznejšie sa ich vojna dotkla v hospodárskej oblasti. Domácnosti trpeli nedostatkom cukru, fajčiva, obuvi, šatstva a drahotou.

Koncom mája a začiatkom júna 1919 sa „čilejkárske“ obce dostali do centra bojov medzi československým vojskom a maďarskou Červenou armádou. Počas bojov prišli o život dvaja civilisti a jedna žena bola zranená.

Od roku 1920 je obec známa už pod menom Hronské Kosihy. Povojnové roky boli kritické pre všetkých občanov. Ceny stúpali a ľudia sa zadlžovali. V roku 1922 bolo založené Úverné družstvo, ktoré prijímalo vklady s úrokovou sadzbou 4% a pôžičky poskytovalo s úrokom 7%. V roku 1924 bol v chotári Podlužany, v časti Kusá hora, zriadený obecný kameňolom, kde sa ťažil andezit a kremeň.  V roku 1926 sa v Kosihách usadili Cigáni ako v ich domovskej obci.

V roku 1940 bola do obce zavedená elektrická energia. 20. decembra 1940 sa rozsvietilo prvých 14 lámp verejného osvetlenia.

Počas vojnových rokov 1941 – 45 neboli v obci spôsobené väčšie škody na zdraví (okrem jedného prípadu) a majetku občanov, hoci už dňa 9. 9. 1942 večer zhodili lietadlá 7 bômb na polia asi 150 m severovýchodne od dediny. Slovenského národného povstania sa zúčastnilo 47 mužov. Po jeho potlačení sa domov vrátilo 27, 20 bolo Nemcami vzatých do zajatia, kde jeden zomrel.

Červená armáda prišla do obce ráno 21. decembra 1944. Front tu ostal stáť až do 25. marca 1945, kedy Červená armáda začala všeobecný útok. Prerazila frontovú líniu a zahnala Nemcov na západ.

Po vojne, rovnako ako pred ňou a počas nej, sa obyvatelia Hronských Kosíh zaoberali najmä poľnohospodárstvom. V roku 1950 bolo v obci založené JRD, ktoré začalo hospodáriť asi na 40 ha obecnej a cirkevnej pôdy. Z plodín sa pestovala pšenica, jačmeň, raž, kukurica, zemiaky a repa, choval sa hovädzí dobytok, ošípané, kone a hydina.

Po roku 1952 sa väčší počet Kosižanov zamestnáva v SES Tlmače a neskôr aj v podnikoch Levitex Levice a Preciosa Tlmače.

Plyn bol do obce zavedený v roku 1994 a do verejnej vodovodnej siete bola obec zapojená v roku 1995.